Les relacions del Monestir amb el bisbat de Barcelona estan plenes de contradiccions i moments d’oberta crisi, malgrat els estrets vincles inicials. Sant Cugat ha esdevingut un monestir ric en terres i també en esglésies, ha entrat en competència amb la seu episcopal i actua gairebé com una segona diòcesi. L’any 1002 la butlla de Silvestre II hi consigna la propietat d’una vintena d’esglésies, un nombre que a finals de segle es duplica –butlla d’Urbà II (1098)–. A principis del segle XII, Sant Cugat ja és, amb diferència, el major propietari d’esglésies de la diòcesi de Barcelona –ostenta la titularitat d’una cinquantena d’edificis–, només superat pel mateix bisbat. Els privilegis d’immunitat i exempció atorgats per Roma, els quals desvinculen l’abadia de la jurisdicció episcopal, han convertit, de fet, els abats de Sant Cugat en els responsables únics de la gestió i l’administració de les seves esglésies, amb la qual cosa es redueixen les atribucions pastorals i econòmiques dels bisbes de Barcelona. Així, drets com la percepció del delme i la primícia o l’elecció dels sacerdots, tradicionalment lligats als caps de la diòcesi, es troben en mans de l’abadia. La creació de la congregació de monestirs de Sant Cugat agreuja encara més aquest fet. Malgrat els intents dels bisbes de Barcelona per sotmetre el Monestir a la seva jurisdicció, la subjecció directa a Roma i la connivencia dels comtes de Barcelona –particularment interessats a contrarestar el poder de la seu episcopal– fan que l’abadia mantingui el control eclesiàstic en els seus dominis fins a començaments del segle XIII. Però aleshores el bisbat inicia una llarga disputa per tornar a subjectar el Monestir.
Durant una primera fase, el Monestir se sotmet al bisbat. El 1211 l’abat Berenguer de Santa Oliva jura obediència al bisbe de Barcelona a la galilea, davant de les portes de l’església del Monestir, i uns dies més tard repeteix la cerimònia al Claustre de la catedral. El seu successor, Ramon de Banyeres, signa una concòrdia amb el bisbe per mantenir el Monestir sota la seva obediència, i Arnau de Palou repeteix el jurament. Però una part de la comunitat monàstica no veu amb bons ulls aquest sotmetiment i porta l’afer a Roma. El nou abat, Pere d’Amenys, en aquesta línia, intenta deslliurar-se del bisbat i apel·la també al papa. Però finalment la sentència és favorable al bisbat i el 1251 retornen a la seva jurisdicció totes les esglésies que depenen del Monestir, excepte l’església abacial i Sant Pere d’Octavià.